Dział Wydawniczy organizuje i nadzoruje działalność wydawniczą Instytutu

Zadania:

• opracowywanie planów wydawniczych Instytutu;
• inicjowanie, organizowanie i nadzorowanie realizacji wydawnictw Instytutu;
• współpraca z wydawcami krajowymi i zagranicznymi w celu pozyskania pozycji wydawniczych związanych z działalnością Instytutu;
• publikacja pozycji naukowych i popularnonaukowych w ramach Instytutu, jak również te, które są produktem innych instytucji kultury i nauki;
• opracowywanie i wydawanie innych publikacji o charakterze informacyjnym i promocyjnym.

Dział Oświatowy opracowuje koncepcję i organizuje działalność edukacyjną, oświatową i kulturalno-oświatową Instytutu

Zadania

• odpowiedzialność za obsługę zwiedzających i oprowadzanie po wystawach,
• organizowanie lekcji muzealnych, prelekcji, pokazów filmowych, konkursów i innych imprez o charakterze edukacyjnym, oświatowym bądź kulturalno – oświatowym,
• przygotowywanie materiałów dydaktycznych do lekcji, konkursów i innych,
• współpraca ze szkołami, szczególnie tymi, które noszą zaszczytne Imię Papieża Jan Pawła II,
• współpraca z domami kultury oraz innymi instytucjami kulturalnymi.

Dział Promocji

Zadania:

• organizacja imprez promocyjnych, spotkań, paneli, koncertów, konferencji prasowych itp.,
• nawiązywanie kontaktów i poszukiwanie partnerów realizowanych projektów,
• inicjowanie i koordynacja różnego rodzaju akcji i konkursów papieskich,
• przygotowanie graficzne i merytoryczne informatorów i publikacji o charakterze promocyjnym,
• współpraca z z prasą, radiem, telewizją.

Dział Naukowo-Badawczy organizuje zaplecze naukowe dla działalności oświatowej i wydawniczej Instytutu

Zadania

• zajmowanie się badaniami naukowymi nad całym dziedzictwem pozostawionym przez Osobę Jana Pawła II,
• organizowanie ekspedycji naukowych w kraju i zagranicą, szczególnie wśród Polonii,
• opracowywanie, w porozumieniu z kierownikami działów merytorycznych Instytutu planów długofalowych oraz programów doraźnej działalności,
• opracowywanie osiągnięć w zakresie badań naukowych i przygotowywanie ich do publikacji,
• uczestniczenie w działalności wydawniczej Instytutu,
• opracowywanie tłumaczenia dzieł zagranicznych i przygotowywanie publikacji wersji obcojęzycznych,
• współpraca z instytucjami naukowymi w kraju i za granicą,
• organizowanie konferencji i seminariów naukowych oraz innych imprez o charakterze naukowym,
• obsługa Rady Programowej.

Biblioteka Instytutu Papieża Jana Pawła II pozyskuje, gromadzi i przechowuje księgozbiór, ze szczególnym uwzględnieniem publikacji dotyczących życia, pontyfikatu i nauczania Ojca Świętego Jana Pawła II

Zadania: 

• gromadzenie, opracowywanie, przechowywanie materiałów bibliotecznych, polskich i zagranicznych: książek, czasopism, materiałów publikowanych i innych wydawnictw związanych z działalnością i nauką Jana Pawła II oraz pokrewnych dziedzin i dyscyplin naukowych i popularno naukowych;
• udostępnianie, w formie bezpośredniej i za pomocą internetu, materiałów bibliotecznych użytkownikom oraz prowadzenie działalności informacyjnej;
• czuwanie nad prawidłowym przechowywaniem zbiorów w magazynach, dbanie o ich właściwe rozmieszczenie w przeznaczonych na ten cel pomieszczeniach oraz ich bezpieczeństwo pod względem konserwatorskim, przeciwpożarowym i antywłamaniowym;
• sporządzanie i prowadzenie kartotek magazynowych, kartotek wypisowych oraz kartotek elektronicznych;
• prowadzenie okresowych scontr zbiorów;
• obsługa wewnętrznego i zewnętrznego ruchu zasobów bibliotecznych w sposób zgodny z obowiązującymi w tym zakresie przepisami;
• uczestniczenie w inwentaryzacji zbiorów;
• udostępnianie zbiory osobom spoza Instytutu w czytelni;
• organizowanie wystaw z zasobów biblioteki oraz współpraca przy wystawach realizowanych przez Dział Muzealny i Wystaw;
• prowadzenie działalności edukacyjnej na bazie zbiorów własnych.

Dział Dokumentacji Archiwalnej i Fotograficzno-Filmowej

Zadania:

• gromadzenie, ewidencjonowanie i opracowywanie materiałów archiwalnych (rękopisów, fotografii, negatywów, plakatów, obrazów, grafik, rycin i innych) z zakresu przedmiotu działania Instytutu;
• dokumentowanie wystaw i imprez organizowanych przez Instytut;
• realizacja wszelkich prac z zakresu fotografii i zapisu filmowego dla potrzeb dokumentacji katalogowej, wystaw, wydawnictw własnych Instytutu oraz publikacji wydawanych we współpracy z innymi instytucjami kulturalnymi i naukowymi.

Dział Współpracy z Zagranicą prowadzi działania organizacyjne i badania naukowe w środowiskach polonijnych. Celem tych prac jest w szczególności gromadzenie, systematyzowanie i publikowanie materiałów związanych z osobą Jana Pawła II i wpływem, jaki papież Polak wywarł na Polonię w różnych częściach świata.

Na szczególną uwagę zasługuje Polonia włoska, która stale towarzyszyła Janowi Pawłowi II w czasie jego prawie 27-letniego pontyfikatu. Instytut podjął współpracę z następującymi ośrodkami: Domem Polskim Jana Pawła II w Rzymie, Ośrodkiem Dokumentacji Pontyfikatu Jana Pawła II, Polskim Instytutem Kultury Chrześcijańskiej oraz Instytutem Polskim w Rzymie (Istituto Polacco di Roma).

Dział Księgowości działa w oparciu o Ustawę z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (Dz. U. z 2002 r. nr 76 poz. 694 z późn. zm.). Jej zadaniem jest prowadzenie gospodarki finansowej Instytutu zgodnie z przepisami prawa i zgodnie z zasadą racjonalnego wydatkowania środków publicznych.

Dział Gospodarczo-Techniczno-Budowlany organizuje zaplecze techniczne, lokalowe i transportowe niezbędne dla działalności Instytutu. Prowadzi sprawy z zakresu ochrony mienia, warunków pracy i obsługi technicznej wystaw. Do priorytetowych zadań działu należy również organizowanie i nadzorowanie inwestycji budowlanych w ramach budowy nowej siedziby Instytutu i nadzór nad prawidłowym rozdysponowaniem funduszy przeznaczonych na działalność inwestycyjną.